iPod hanya bekerja jika harddisknya (atau, microdrive, atau memori flash-nya) diformat dalam Mac OS Extended (HFS+) atau format FAT32. Kecuali iPod Shuffle yang hanya bekerja dalam format FAT32. Dan jelas iPod tidak dapat bekerja jika partisinya diformat dalam NTFS yang umum digunakan para pengguna Windows XP atau bahkan UFS (Unix File System) yang digunakan oleh maniak FreeBSD.

Jika iPod diformat menggunakan Mac, maka iPod tersebut akan diformat menggunakan HFS+. Namun jika iPod diformat menggunakan Windows, maka iPod akan diformat menggunakan FAT32. Tentunya, karena FAT32 sangat umum, hampir setiap sistem operasi setelah zaman Windows 95 OSR2 (OEM Service Release 2.0; Windows 95B) dapat membacanya (dan menulisnya).

Pengguna iPod disarankan untuk menggunakan format FAT32, karena iPod akan dapat digunakan baik jika dihubungkan ke iTunes di PC Windows maupun Mac. Sementara jika menggunakan format HFS+, maka iPod tidak dapat dikenali oleh iTunes versi Windows.

Namun yang menjadi masalah adalah untuk pembaruan(update). iPod berformat FAT32 ,walaupun bisa dikenali oleh Mac, tidak dapat di-update menggunakan updater (kini updater terintegrasi dalam aplikasi iTunes) dari Mac. Sehingga untuk memperbarui firmware-nya mesti diupdate menggunakan Windows. Sementara iPod berformat HFS+, karena hanya dikenali oleh Mac, tentunya mesti di-update menggunakan Mac.

Sehingga, jika Anda masih banyak bekerja dengan Windows, atau masih memiliki akses ke PC Windows, gunakanlah FAT32 agar lebih universal. Jika Anda tidak memiliki akses ke PC Windows, dan masih menggunakan Mac berbasis PowerPC, maka gunakanlah format HFS+ agar Anda dapat memperbarui firmware iPod Anda, walaupun harus merelakan jika iPod Anda tidak dikenali oleh Windows. Namun jika Anda menggunakan Mac berbasis Intel, dan rela memiliki Windows di dalamnya, gunakanlah format FAT32 agar lebih universal, dengan syarat: Anda harus menggunakan Windows untuk memperbarui firmware iPod Anda.

Bagaimana mengupdate iPod Shuffle yang hanya bekerja dengan format FAT32 di Mac? saya sendiri tidak tahu dan belum pernah mencobanya. Mungkin Mac mampu menangani format FAT32 ini khusus untuk iPod Shuffle. Dan tidak ada informasi spesifik mengenai masalah kompatibilitas format partisi iPod Shuffle dari Apple sendiri.